Система управління Комунального закладу Київської обласної ради «Київський обласний ліцей-інтернат фізичної культури і спорту» відповідає ст. 24 Закону України «Про освіту» № 2145-VIII від 05.09.2017 та Статуту закладу (затверджено рішенням Департаментом освіти Київської обласної ради).

Управління КЗ КОР «КОЛІФКС» в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:

1) засновник – Засновником  КЗ КОР «КОЛІФКС» є Київська обласна державна адміністрація, заклад підпорядкований  Департаменту освіти і науки Київської обласної ради. Власник або уповноважений ним орган здійснює фінансування Закладу, його матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, харчування учнів.

2) керівник закладу освіти – директор КЗ КОР «КОЛІФКС» – Балясников Володимир Матвійович. Керівник закладу освіти здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження  та відповідальність керівника закладу освіти визначається законом та установчими документами закладу освіти.

3) постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління закладу освіти – педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу є головою педагогічної ради – постійно діючого колегіального органу управління закладом.

4) колегіальний орган громадського самоврядування – Рада ліцею. Вищим органом громадського самоврядування Закладу освіти є загальні збори колективу, що скликаються не менше одного разу на рік. У період між загальними зборами діє рада Закладу. Очолює  раду закладу  освіти голова, який обирається із складу ради.

5) органи самоврядування здобувачів освіти – учнівське самоврядування;